运费增值税税率是9%。一般纳税人适用的税率有：13%、9%、6%、0%。适用13%税率：销售或进口货物，提供加工、修理修配劳务，提供有形动产租赁服务。适用9%税率：交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务、销售不动产、转让土地使用权等。
小规模纳税人提供应税服务,增值税征收率为3%。1、取得运输业增值税专用发票的，抵扣11%。2、取得的是普通运输发票的7%。3、营改增之后就没有7%的抵扣税率了。增值税政策规定，一般纳税人的进项税额才能进行抵扣。不论工业、商业均可按照运输费(含铁路的两金收费，但是不含搬运、储藏费等)抵扣7%的增值税。
1、运输单位提供运输劳务自行开具的运输业统一发票;
2、由“自开票纳税人”开具的运输业统一发票;所谓的“自开票纳税人，是指符合规定条件，向主管地税局申请领购并自行开具货物运输业发票的纳税人。”
3、由“代开票纳税人”开具的运输业统一发票;所谓的“代开票纳税人，是指除自开票纳税人以外的需由代开票单位代开货物运输业发票的单位和个人。”是指主管地税局。
以上所称代开票单位是指主管地税局。经省级地税局批准也可以委托中介机构代开货物运输业发票。
4、运输单位主管地方税务局及省地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票(包括地方税务局代开部份)准予抵扣;
5、被认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输发票也准予计算抵扣进项税额。《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》(国税发〔2003〕121号)
6、其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。
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